Elixir vil tryggelangsiktigheten

Elixir så dagens lys rett før jul, og promoterer seg nå med slagordet "Data for livet". Tirsdag ettermiddag kom nyheten om at Norge slutter seg til den nye forskningsinfrastrukturen for bioinformatikk.

Hånd på rattet

- Den største endringen på kort sikt er at vi nå får lov til å være med og bestemme utviklingen og påvirke hvordan denne store fellesressursen skal bygges opp videre. Det er viktig, understreker Finn Drabløs.

Han er professor ved Institutt for kreftforskning og molekylær medisin ved NTNU, og lokal nodeleder for Elixir Midt-Norge. Bioinformatikkmiljøet ved NTNU er en del av et nasjonalt nettverk, som ledes fra Universitetet i Bergen. Universitetene i Oslo, Tromsø og på Ås er også med.

Usikker drift

Elixir går inn som en av de mange satsingene innenfor Esfri, EUs verktøy for å sikre drift og langsiktighet for store forskningsinfrastrukturer. Raske teknologiske framskritt innen molekylærbiologi har de siste årene gjort store mengder biologisk informasjon tilgjengelig. Disse ressursene ligger spredt rundt i et stort antall databaser som forskerne er avhengig av. I følge Drabløs har det vært et problem at det har vært lettere å få penger til å etablere basene enn til langsiktig drift.

Databasen UniProt er en slik ressurs. Den inneholder beskrivelser av alle kjente proteiner, og er svært verdifull for brukerne. Nettopp usikkerhet rundt fortsatt drift var med på å trigge fram Elixir. Nå blir UniProt en nøkkelressurs i den nye infrastrukturen.

Klar strategi

- Intensjonen med Elixir er å sikre langsiktig bruk av ressursene, og holde basene operative så lenge det er bruk for dem. Nå legges en klar strategi. Vi får trygghet for at viktige data blir tilgjengelige i fremtiden, samt at vi kan basere forskningen vår på stabile ressurser, sier Drabløs.

Data og verktøy fra forskningsgrupper i mange land blir nå tilgjengelig via en felles plattform, og kan brukes av livsvitenskap-miljøer i hele Europa.

- Det blir en stor utfordring å sy disse systemene sammen. Utviklingen skjer raskt, på svært mange felt samtidig, sier Drabløs.

Enorme datamengder

Bioinformatikk skiller seg fra mange andre infrastrukturer under Esfri, som gjerne er basert på store fysiske installasjoner.

Ressursene i Elixir er todelt. På den ene siden enorme og komplekse datamengder som genereres, analyseres og samles i store databaser. På den andre siden har man bioinformatikerne, som har kompetansen til med å hente ut, kombinere, og analysere dataene. Det er også de som utvikler verktøyene som kreves for å gjøre det.

Mangler bioinformatikere

Professor Finn Drabløs bekrefter at behovet for bioinformatikk er i ferd med å bli en flaskehals for forskningen. Samtidig har det ikke vært grunnlag for å utdanne mange bioinformatikere i Norge – før nå. Det har rett og slett skortet på jobber for dem.

- Utviklingen av analysemetodene skjer enormt raskt. Hastigheten vi kan generere data med er langt større enn vi kan holde tritt med. Analyseinstrumentene kan generere data 24 timer i døgnet, men bioinformatikerne er mennesker. Foreløpig er det, her i landet, et begrenset antall bioinformatikere til å gjøre analysearbeidet.

- Det er en nasjonal utfordring, mener Drabløs.

Tøff konkurranse

Fagfeltet konkurrerer hardt om de beste IKT-studentene. I dette farvannet fisker også store, multinasjonale selskaper. Drabløs ser et lyspunkt i at Norges forskningsråd har startet arbeidet med å etablere en forskerskole for å bedre utdanningstilbudet innen bioinformatikk.

Arbeidet med å få på plass Elixir har pågått lenge. Det norske nodenettverket som NTNU er med i, har samarbeidet siden 2002 under Fuge-programmet. Retten til å bruke navnet Elixir har de først fått nå, etter at Norge signerte konsortieavtalen for Elixir.

Marin og medisin

Den norske noden har et spesielt ansvar for marin sektor, i tillegg til medisin. Forskere fra alle medlemslandene får tilgang på nødvendige ressurser for å drive forskning av høy kvalitet. Gjenbruk av de samme dataene betyr at man kan hente ut merverdi av forskningsdataene, og dermed øke utbyttet av Europas samlede investeringer i livsvitenskap.

I tillegg består infrastrukturen av IKT-verktøy for å søke, analysere og koble sammen data. En tredje komponent er opplæring av forskere i å gjøre bioinformatiske analyser og bruke IKT-verktøyet utviklet for bioinformatikk.

Forskning må finansieres

Sånn sett er Elixir en gladnyhet for alle forskere på feltet, men Drabløs minner om at de nye mulighetene ikke endrer på følgende faktum:

Finansieringen av Elixir dekker bare infrastrukturen. Forskerne er akkurat like avhengige som før av at forskningen deres finansieres.